蒙古文化研究所初创于1997年，当初是学校内设的科研机构，于2007年经自治区编办批准为行政副处级科学研究机构。

研究所建立初，团队建设内容为蒙古族藏传佛教研究、蒙藏文化关系研究和蒙古族宗教文化研究，同时辐射蒙古文化的其他方面。在这一思想的指导下，大力度搜集整理了藏传佛教典籍，为蒙古族佛教文化研究和蒙藏文化关系研究奠定了良好的基础。

蒙古文化研究所发展过程中，研究所的研究领域有了新的突破，在注重原有的团队建设的基础上，开始着重民族学与人类学团队建设，重视本科专业建设，招收民族学专业的本科生，同时获得民族学硕士、博士学位授予权。根据民族学学科的迅速发展以及学校未来团队建设的需要，2007年学校批准以蒙古文化研究所的研究人员为主体，成立英国威廉希尔公司民族学与社会学学院，专门建设民族学、社会学学科。原有的蒙古文化研究所继续保留，并且正式批准为副处级科学研究机构，确定其科研方向为蒙古族宗教文化、蒙古族民俗文化研究。

近年来，根据研究所人员结构的不断完善和学科结构科学化的需要，将研究所学科方向凝练为宗教学和民俗学。确定研究所近期发展目标为继续提升宗教学学科，争取哲学一级团队建设；争取民俗学学科硕士学位授予权。

 蒙古文化研究所现有8名研究人员，其中教授1名，副教授3名，讲师4名。研究人员毕业于日本国奈良女子大学、日本冈山大学、日本桃山学院大学、中央民族大学、英国威廉希尔公司等国内外高校。首任所长为齐木德道尔吉教授，现任所长为额尔敦哈达教授。

 蒙古文研究所已完成的项目有，内蒙古教育厅高校科研项目3项、内蒙古自治区少数民族古籍“九五”规划项目1项、内蒙古自治区“321”人才工程资助项目1项、内蒙古自治区哲学社会科学“九五”规划项目3项、国家“十五”重点出版项目1项、日本文部科学省青年项目1项。目前承担国家社科基金项目4项，教育部一般项目1项。

 蒙古文化研究所科研人员出版的专著有《蒙古萨满教的变化》（包龙）、《科尔沁蒙古萨满教》（包龙）、《成吉思汗陵历史文化研究》（苏日娜）、『牧業者への助言』－－モンゴルにおける遊牧生活の教訓書（乌仁其其格）、《安代的文化阐释》（萨茹拉）等；参与编辑出版的学术作品有《科尔沁民俗文化研究》（参编、额尔敦哈达）、《蒙古民俗大词典·经济卷》（参编、额尔敦哈达）、《蒙古民俗文化探源》（参编、苏日娜）等；在国内外学术刊物发表论文有80余篇。2014年举办了全国性蒙古民俗与宗教文化学术研讨会；2015年承办了全国首届元上都与察哈尔历史文化学术研讨会。